رمان کیمیاگر، داستانی در دو بخش و یک موخره، حول محور زندگی چوپانی اندلسی به نام سانتیاگو می‌چرخد. او در پی تحقق "افسانه شخصی" خود، سفری را از دهکده‌اش به سمت اهرام مصر آغاز می‌کند. در طول این سفر، سانتیاگو با شخصیت‌های گوناگونی روبه‌رو می‌شود که یا به طور مستقیم به او کمک می‌کنند یا با مثال‌های خود، درس‌های ارزشمندی به او می‌آموزند.

ملکی‌صدق و کیمیاگر، نقش مرشد و راهنما را برای سانتیاگو ایفا می‌کنند. در مقابل، مرد انگلیسی نمونه‌ای است از کسانی که صرفاً به دانش کتابی تکیه می‌کنند، و تاجر بلور، تصویری از زندگی کسانی را نشان می‌دهد که به ندای "افسانه شخصی" خود گوش نمی‌دهند. داستان کیمیاگر در جهانی رخ می‌دهد که هر موجودی "افسانه شخصی" خود را دارد و جهان، روحی دارد که بین همه چیز، از موجودات زنده تا مواد بی‌جان، مشترک است.

این رمان به بررسی موضوعاتی همچون سرنوشت، ایمان به خود، و اهمیت دنبال کردن رویاها می‌پردازد. سانتیاگو در این سفر پرماجرا، با چالش‌ها و موانع متعددی روبرو می‌شود، اما با تکیه بر قلب خود و گوش دادن به نشانه‌ها، در نهایت موفق به کشف گنج و تحقق افسانه شخصی خود می‌شود. کیمیاگر یادآور این نکته است که گنج واقعی، همیشه در درون ما و در مسیر رسیدن به اهدافمان نهفته است.

بخش اول: آغاز سفر سانتیاگو

سانتیاگو، چوپان جوانی اهل اندلس، مشتاق سفر به شهری است که سال قبل به آنجا رفته بود. در آنجا با دختری آشنا شده و دلباخته‌اش شده بود. دختر، فرزند تاجری بود که از سانتیاگو پشم می‌خرید؛ مردی که به شدت بدبین بود و برای جلوگیری از هرگونه تقلبی، اصرار داشت سانتیاگو گوسفندانش را جلوی چشمان او پشم‌چینی کند. سانتیاگو شب‌ها را در یک کلیسای مخروبه سپری می‌کرد، جایی که رویایی تکرارشونده درباره اهرام مصر می‌دید. وقتی رویا را برای یک زن کولی تعریف می‌کند، زن کولی آن را صریحاً تفسیر می‌کند و می‌گوید که سانتیاگو باید به مصر سفر کند تا گنجی مدفون را پیدا کند. در ابتدا، سانتیاگو مردد است، زیرا از زندگی‌اش به عنوان یک چوپان لذت می‌برد و برای رسیدن به این جایگاه، برخلاف میل والدینش عمل کرده بود، زیرا آن‌ها می‌خواستند او کشیش شود.

سپس، او با پیرمردی به نام ملکی‌صدق برخورد می‌کند، که مفهوم "افسانه شخصی" را برای او توضیح می‌دهد؛ هدفی که هر فردی باید در زندگی به دنبال تحقق آن باشد. "افسانه شخصی، همان چیزی است که شما همیشه خواسته‌اید به آن برسید. هر کسی، در جوانی، می‌داند که افسانه شخصی‌اش چیست." ملکی‌صدق به سانتیاگو می‌گوید که باید به نشانه‌ها گوش دهد تا گنج خود را پیدا کند و دو سنگ جادویی به او می‌دهد، اوریم و تومیم، که به سوالاتی که سانتیاگو نمی‌تواند به تنهایی پاسخ دهد، با "بله" و "نه" پاسخ می‌دهند.

سانتیاگو پس از فروش گوسفندانش، به طنجه می‌رسد، اما در آنجا، تمام پولش توسط مردی دزدیده می‌شود که به او گفته بود می‌تواند او را به اهرام مصر ببرد. این اتفاق، او را چندان ناراحت نمی‌کند، زیرا او شروع به کار برای یک تاجر بلور می‌کند و با ایده‌های هوشمندانه‌اش، کسب و کار او را رونق می‌بخشد. تاجر بلور نیز روزگاری افسانه شخصی خود را داشته‌است - سفر زیارتی به مکه - اما از آن دست کشیده‌است. سانتیاگو در اینجا می‌آموزد که چگونه با پشتکار و خلاقیت، حتی در شرایط دشوار، می‌توان به موفقیت دست یافت و از زندگی لذت برد. او همچنین درک می‌کند که نباید به راحتی از رویاهای خود دست کشید.

بخش دوم: در قلب صحرا

سانتیاگو پس از جمع‌آوری پول کافی، در دوراهی قرار می‌گیرد. یازده ماه گذشته و او مردد است که آیا با پولش به اندلس بازگردد و گوسفند بخرد یا به جستجوی گنج ادامه دهد. در نهایت، تصمیم می‌گیرد به یک کاروان بپیوندد تا به سمت اهرام سفر کند. در آنجا، با مسافری به نام مرد انگلیسی آشنا می‌شود که در علم کیمیاگری دستی دارد. او راهی واحه‌ی الفیوم است تا با یک کیمیاگر ملاقات کند، به این امید که یاد بگیرد چگونه هر فلزی را به طلا تبدیل کند. در طول سفر در صحرا، سانتیاگو یاد می‌گیرد چگونه با روح جهان ارتباط برقرار کند.

به دلیل ناآرامی‌ها و جنگ‌های پراکنده در صحرا، کاروان برای مدتی در واحه‌ی الفیوم می‌ماند. سانتیاگو تصمیم می‌گیرد به مرد انگلیسی در یافتن کیمیاگر کمک کند. منبع اطلاعات آن‌ها، فاطمه است؛ دختری که سانتیاگو در حال برداشتن آب از چاه ملاقات می‌کند و بلافاصله عاشقش می‌شود. او به فاطمه پیشنهاد ازدواج می‌دهد و فاطمه قبول می‌کند، به شرطی که سانتیاگو جستجوی خود را به پایان برساند. فاطمه یک "زن صحرایی" است که می‌تواند نشانه‌ها را بخواند و می‌داند که هر کسی باید قبل از بازگشت، رفتن را تجربه کند.

پس از ماجراجویی در صحرا، سانتیاگو در رویایی که از حمله دو باز به یکدیگر ناشی می‌شود، حمله‌ای به واحه را پیش‌بینی می‌کند. حمله به یک واحه، نقض قوانین صحرا است، بنابراین او موضوع را با روسای قبایل در میان می‌گذارد، اما آن‌ها می‌گویند اگر واحه مورد حمله قرار نگیرد، او باید جانش را بپردازد. بلافاصله پس از این رؤیا، او با غریبه‌ای با لباس سیاه سوار بر اسب سفید ملاقات می‌کند که خود را کیمیاگر معرفی می‌کند.

واحه مورد حمله قرار می‌گیرد و به لطف هشدار سانتیاگو، ساکنان می‌توانند مهاجمان را شکست دهند. این موضوع از نظر کیمیاگر پنهان نمی‌ماند و او تصمیم می‌گیرد به سانتیاگو آموزش دهد و به او کمک کند تا به اهرام برسد. با این حال، آن‌ها به زودی توسط گروه دیگری از جنگجویان در صحرا دستگیر می‌شوند. کیمیاگر به سانتیاگو می‌گوید که برای ادامه سفر، باید به باد تبدیل شود.

سانتیاگو که بیشتر و بیشتر با روح جهان آشنا می‌شود، بر صحرا تمرکز می‌کند و در نهایت موفق می‌شود به باد تبدیل شود. این اتفاق، اسیرکنندگان را می‌ترساند و آن‌ها بلافاصله هم او و هم کیمیاگر را آزاد می‌کنند.

آن‌ها به یک صومعه می‌رسند، جایی که کیمیاگر مقداری سرب را به طلا تبدیل می‌کند و آن را تقسیم می‌کند. سفر کیمیاگر در اینجا به پایان می‌رسد، زیرا او باید به واحه بازگردد، اما سانتیاگو به راه خود ادامه می‌دهد و در نهایت به اهرام می‌رسد. او شروع به کندن زمین در مکانی می‌کند که در خواب دیده بود گنج خود را پیدا می‌کند، اما مورد کمین مهاجمان قرار می‌گیرد و به شدت مورد ضرب و شتم قرار می‌گیرد. یکی از مهاجمان، پس از پرسیدن در مورد اینکه سانتیاگو در آنجا چه کار می‌کرد، رویای او را مسخره می‌کند و می‌گوید که او رویایی در مورد گنجی مدفون در یک کلیسای متروکه در اسپانیا دیده است و آنقدر احمق نبوده است که به دنبال آن برود. سانتیاگو در این لحظه درس مهمی در مورد اهمیت گوش دادن به ندای قلب و دنبال کردن رویاها می‌آموزد.

موخره: بازگشت به خانه و کشف گنج واقعی

این ماجرا، پاسخی را که سانتیاگو به دنبالش بود به او می‌دهد. او بلافاصله به کلیسای اسپانیا بازمی‌گردد، گنج را از زیر خاک بیرون می‌آورد، به یاد می‌آورد که بخشی از آن را به زن کولی مدیون است، و تصمیم می‌گیرد دوباره با فاطمه دیدار کند. سفر سانتیاگو، سفری درونی و بیرونی بود که به او آموخت گنج واقعی در دل سفر و در عشق به دیگران نهفته است. او با دنبال کردن رویاهایش، نه تنها به ثروت مادی دست یافت، بلکه به خودشناسی و آرامش درونی نیز رسید.